Конечно, Вы можете уволиться, находясь в это время на больничном листе, предприятие даже обязано будет Вам оплатить больничный в полном объеме. Но, так как Вы являетесь материально-ответственным лицом, то лучше передайте официально все дела, проведя инвентаризацию, учитывая, что Вы находитесь не в лучших отношениях с руководителем, который может попытаться причинить Вам вред. Не забывайте о том, что за причиненный ущерб предприятию материально - ответственное лицо может быть привлечено в судебном порядке даже после увольнения, если факт ущерба обнаружится в течение 1 года в соответствии со ст. 392 ТК РФ, не рискуйте, сдайте все дела и спокойно увольняйтесь.